61 год назад, 3 октября 1960 года, образован Центр управления полётами (ЦУП). Первоначально он образован как вычислительный центр в составе НИИ-88. НИИ-88 впоследствии переименован в Центральный научно-исследовательский институт машиностроения (ныне входит в состав Госкорпорации «Роскосмос»).
На первом этапе становления центра в составе НИИ-88 был создан вычислительный центр (ВЦ), начавший управлять космическими аппаратами с 1963 года. В этом же году начинается управления автоматической станцией для исследования Луны и космического пространства «Луна-4», а также пилотируемыми кораблями «Восток-5» и «Восток-6» (на первом корабле этой серии совершил свой рекордный одиночный полет Валерий Быковский, а на втором вошла в историю Валентина Терешкова, как первая в мире женщина-космонавт).
С января 1964 года ВЦ становится головным баллистическим центром по отдельным искусственным спутникам Земли, автоматическим межпланетным станциям (АМС), а также пилотируемым кораблям «Восток» и «Восход». В 1964 году в вычислительном центре был введен в эксплуатацию первый зал отображения информации о полёте космических аппаратов. Он стал уникальным комплексом, оборудованным экранами и табло для отслеживания движения космических объектов и вывода цифровой информации о параметрах орбиты и основных данных полёта.
С 1965 года вычислительный центр в составе НИИ-88 начинает исполнять функции головного Баллистического центра (БЦ) по управлению автоматическими межпланетными станциями «Венера» и «Марс», которые были запущены с целью изучения планет и космического пространства. Станции передали на Землю уникальные по своей значимости научные данные. В 1965 году вычислительный центр преобразовывается в Координационно-вычислительный центр (КВЦ) для обработки, анализа и отображения измерительной информации при лётно-конструкторских испытаниях искусственных спутников Земли, КА и баллистических ракет. Задачей КВЦ также становится информационное обеспечение руководства и государственных комиссий.
Для обеспечения выполнения проекта совместного полёта советского корабля «Союз» и американского «Аполлон» в 1973 году на базе помещений технического здания Координационно-вычислительного центра создаётся Советский центр управления полётом пилотируемых кораблей «Союз-М» (СЦУП) с новым комплексом технических средств. Разрешается допустить в СЦУП американских специалистов, участвующих в проведении совместных тренировок и управлении полётом кораблей.
Под управлением ЦУП в декабре 1978 г. автоматические межпланетные станции (АМС) «Венера-11» и «Венера-12» совершили посадку на дневную сторону Венеры и успешно провели регистрацию электрических разрядов. С 1982 по 1991 год ЦУП управлял полётом орбитальной усовершенствованной станции «Салют-7», пришедшей на смену станции «Салют-6».
Станция «Мир» стала лётным полигоном для испытаний в реальных условиях многих технических решений и технологических процессов, используемых на МКС. Совместные полёты на станцию «Мир» российских космонавтов и иностранных астронавтов позволили отработать технологии управления пилотируемыми космическими объектами двух стран из двух Центров управления — российского в городе Королёве (Московская область) и американского в городе Хьюстон (штат Техас).
В 1987 году в составе ЦУП вводится в эксплуатацию технический комплекс для управления полётом универсальной ракетно-космической транспортной системы (УРКТС) «Энергия»-«Буран». Для обеспечения лётно-конструкторских испытаний орбитального корабля «Буран» в составе ЦУП был создан дополнительный центр управления. Этот же центр в дальнейшем обеспечил управление полётом легендарного корабля.
В 1995 году в составе ЦУП начинает функционировать информационно-аналитический центр координатно-временного и навигационного обеспечения (ИАЦ КВНО), сферой деятельности которого являются технологии спутниковой навигации, глобальные навигационные спутниковые системы (ГНСС), и в первую очередь — российская система ГЛОНАСС, орбитальная группировка которой была развёрнута в полном составе в 1995 г.
Создание Международной космической станции (МКС) началось 20 ноября 1998 года после старта российского функционального грузового блока «Заря», который стал базовым элементом МКС. В создании станции принимали участие 14 стран: Россия, США, Канада, Япония, Германия, Франция, Испания, Италия, Дания, Бельгия, Нидерланды, Норвегия, Швеция и Швейцария. Центру управления полетами в г. Королев была отведена ведущая роль в управлении полётом МКС — крупнейшего научно-технического проекта современности. Опыт нашей страны в разработке, эксплуатации и управлении полётом долговременных орбитальных станций стал практической базой для строительства и обеспечил успех последующей реализации международного проекта МКС.
В 1999 году в ЦУП создаётся сектор управления космическими аппаратами социально-экономического и научного назначения (КА НСЭН), включающие спутники дистанционного зондирования Земли, спутники связи, а также научные спутники. По решению Росавиакосмоса в 2000 году ЦУП определен в качестве головной организации по новому актуальному направлению — созданию автоматизированной системы сбора, обработки, анализа и передачи информации о космических объектах естественного и техногенного происхождения в околоземном космическом пространстве.
В 2005 году вводится в эксплуатацию модернизированный Информационно-аналитический центр координатно-временного и навигационного обеспечения (ИАЦ КВНО) по мониторингу систем ГЛОНАСС и GPS. Через два года создается Центр ситуационного анализа, координации и планирования работы средств (ЦСАКП) — управляющая структура наземного автоматизированного комплекса управления космическими аппаратами научного и социально-экономического назначения.
Центр управления полётами сегодня — базовый центр управления космическими полётами Госкорпорации «Роскосмос». Обеспечивает комплексное управление полётами пилотируемых и автоматических космических аппаратов, а также российским сегментом Международной космической станции.