Британские ученые разработали метод аллель-специфической зондовой полимеразной цепной реакции для обнаружения различных вариантов или линий происхождения коронавируса SARS-CoV-2 в образцах, взятых из носоглотки. Об этом сообщает РИА Новости со ссылкой на результаты исследования, опубликованные на сервере препринтов medRxiv.org.
Отмечается, что новый метод количественной полимеразной цепной реакции (ПЦР), позволяет обнаруживать вирусные варианты в реальном времени даже в образцах с разрушенной вирусной РНК. Золотым стандартом для обнаружения вирусных вариантов считают методы полногеномного секвенирования нового поколения (NGS), однако образцы для этих методов должны обладать хорошим качеством и высоким уровнем вирусной РНК, кроме того методы NGS дорогие и недоступны для массового использования.
Ученые использовали новый метод, который они назвали аллель-специфической зондовой ПЦР, для обнаружения вирусных вариантов в 717 образцах, взятых у пациентов, инфицированных SARS-CoV-2, в Великобритании, а также в 365 образцах из Бразилии.
Согласно данным, в первом случае они обнаружили в S-белке вируса мутацию D1118H, характерную для альфа-варианта, а во втором – мутации K417T и L3468V, свойственные гамма-варианту коронавируса.
Сообщается, что для обоих случаев они сравнили чувствительность аллель-специфической зондовой ПЦР с методами NGS.
Результат показал, что при 99% сопоставимости обнаруженных вирусных вариантов точность нового метода в образцах с широким диапазоном вирусных нагрузок на 25 процентов выше. Он также эффективно определил 95% образцов с разрушенной РНК, в то время как методами NGS удается секвенировать не более 11% деградированных образцов.
Новый метод показал 98% чувствительность и 100% специфичность для альфа-варианта. Для варианта гамма эти параметры составили 90-95 и 91-100% соответственно.
Еще одним преимуществом разработанного метода является легкая модификация для нацеливания на новые мутации, возникающие в геноме SARS-CoV-2 в будущем, что очень важно для оперативного отслеживания распространения новых штаммов коронавируса.